针对祁连山生环境问题的污染防治方案，可以从多个方面入手，以确保该区域的生态环境得到有效保护和恢复。以下是一个综合性的污染防治方案，突出祁连山生环境问题：

一、总体目标

以习近平生态文明思想为指导，坚决扛起生态文明建设的政治责任，全面贯彻落实党中央、国务院关于祁连山生态环境保护的重要决策部署，通过实施一系列污染防治措施，实现祁连山生态环境质量的持续改善和生物多样性的有效保护。

二、主要任务

1. 严格矿产资源开发管理

• 违法违规项目清理：全面清理祁连山保护区内违法违规的探矿权、采矿权，对不符合生态环保要求的项目坚决予以关停或退出。

• 严格审批监管：加强矿产资源开发项目的审批管理，确保所有项目都符合环保要求，杜绝未批先建、违规审批等现象。

2. 加强水电设施监管

• 违规水电设施整治：对祁连山保护区内违规建设、运行的水电站进行全面排查和整治，确保生态流量得到保障，防止下游河段出现减水甚至断流现象。

• 生态修复：对水电站建设造成的生态破坏进行修复，恢复受损区域的植被和水生态系统。

3. 严控企业污染排放

• 加强执法检查：加大对周边企业的执法检查力度，确保企业污染治理设施正常运行，污染物稳定达标排放。

• 推动产业升级：鼓励企业采用先进的生产工艺和环保技术，推动产业升级和转型，减少污染物排放。

4. 强化生态环境监测与评估

• 建立监测网络：在祁连山保护区内建立完善的生态环境监测网络，对水质、空气、土壤等环境要素进行实时监测和评估。

• 定期评估报告：定期发布祁连山生态环境质量评估报告，及时反映生态环境状况，为科学决策提供依据。

三、保障措施

1. 加强组织领导

• 成立由省级领导任组长的祁连山生态环境保护工作领导小组，负责统筹协调污染防治工作。

• 明确各级政府和部门的职责分工，确保各项任务得到有效落实。

2. 加大资金投入

• 设立祁连山生态环境保护专项资金，用于支持污染防治、生态修复和监测评估等工作。

• 鼓励社会资本参与祁连山生态环境保护项目，形成多元化投入机制。

3. 强化监督问责

• 建立健全祁连山生态环境保护监督问责机制，对失职渎职、不作为乱作为等行为进行严肃追责问责。

• 加强对污染防治工作的督查和考核，确保各项任务按期完成。

4. 加强宣传教育

• 加大对祁连山生态环境保护工作的宣传力度，提高公众对生态环境保护的认识和参与度。

• 开展生态文明教育活动，培养公众的环保意识和责任感。

四、实施效果评估

定期对污染防治方案的实施效果进行评估，根据评估结果及时调整和完善方案内容，确保祁连山生态环境质量得到持续改善和提升。

综上所述，针对祁连山生环境问题的污染防治方案需要从多个方面入手，通过严格管理、加强监管、推动产业升级、强化监测评估等措施，实现祁连山生态环境的全面保护和恢复。